Sein Musikstudium führt Werner Glöggler an die Musikhochschule Heidelberg.
1989 gründet er den „Kammerchor am Kurfürst-Friedrich-Gymnasium Heidelberg“, aus dem 15 Jahre später der Kammerchor Alumni Heidelberg e.V. hervorgeht.Werner Glöggler erhält 1990 ein Chorleiter-Stipendium des Deutschen Musikrates, verbunden mit der Teilnahme an Kursen bei Eric Ericson, Frieder Bernius und Andrew Parrott.
1994 gewinnt er mit dem „Kammerchor am Kurfürst-Friedrich-Gymnasium Heidelberg“ den 4. Deutschen Chorwettbewerb in Fulda. Seit 1998 ist Werner Glöggler Mitglied der Jury beim Deutschen Chorwettbewerb und der Literaturkommission des Deutschen Musikrates und ein gefragter Dozent und Referent bei Workshops.
Von 1995 bis 1998 hat er zudem einen Lehrauftrag für Chorleitung an der Musikhochschule Mannheim inne.